Quando isso acontecer, feche o Capture Pro e vá até C:\ScanPro\(Nome do Template que está travado) e em seguida as pastas\lotes. Acesse o arquivo .INFO e edite a linha onde está status do lote e mude para Normal - batch.state = NORMAL
Depois salve o arquivo .info e feche-o, Inicie o Capture Pro e abra o lote que agora deverá estar disponível e verifique quais possíveis erros ele deve conter para processá-lo novamente.